تم تشكيل وحدة بناء القدرات عام 2005، وقد تبلورت نتيجة لحاجة مهنية تتمثل في بناء الاستدامة والكفاءة والمهنية لدى المؤسسات القاعدية الأخرى حتى تتمكن من تقديم الخدمات للنساء اللواتي لا يستطعن الاستفادة من برامج المركز وخدماته إما لبعد المسافة أو لأسباب أخرى تتعلق بالاحتلال أو ظروف اقتصادية اجتماعية وغير ذلك، وتقوم هذه الوحدة أيضًا بإعداد و تأهيل الكوادر القيادية في المجتمع.

تتمحور أهداف الوحدة حول المواضيع التالية:
1. إعداد كوادر قيادية وتطوعية ذات كفاءة عالية ومن الجنسين، بحيث يمكنها أن تنشئ برامج محلية لرفع الوعي حول قضايا حقوق المرأة والعنف القائم على النوع الاجتماعي.
2. تقديم المساعدة المهنية للمؤسسات القاعدية من خلال تدريب طواقمها ومجالس أمنائها وإعداد اللوائح الداخلية والأنظمة والإجراءات، وتطوير علاقاتها الخارجية وتطوير الخدمات الاجتماعية والقانونية للنساء لتوفير الحماية للنساء في ضائقة.
3. دمج مواضيع تتعلق بحقوق المرأة والمراهقة والعنف الأسري في البرامج التدريبية للطواقم الطبية والمهنية في المؤسسات الحكومية وغير حكومية.
4. التنسيق وتطوير آليات التعاون المشترك مع الجهات المحولة التي تتعامل مع النساء ضحايا العنف مثل الشرطة والمحامين والأطباء لتعامل أفضل مع قضايا العنف.

بالرغم من أهمية جميع البرامج المطروحة في الوحدة، إلا أن برنامج البيوت الآمنة يعتبر من البرامج الأساسية على مستوى المركز خاصة، وعلى المستوى المحلي والوطني عامة. وقد اعتُبر هذا البرنامج من أهم التحديات امام توفير الحماية الكافية للنساء ضحايا العنف.

تعمل الوحدة من خلال طاقم مهني متخصص مع النساء ومن اجل النساء، لأننا نؤمن في الحق بالعيش بكرامة والحق في الحياة وحق النساء في تقرير المصير. ومن هذا المنطلق نعمل على تعزيز وحماية هذا الحق جنبا إلى جنب مع كل الوحدات و كذلك للحد من عمليات القتل من خلال البرامج المختلفة التي تمثل رؤيتنا ورسالتنا في مركز المرأة.